盧夫·昆爵接替康尼留斯·夫子成為了魔法部的部長。因為康尼留斯·夫子對於早些時候佛地魔對魔法世界發動的襲擊事件處理不當。

跩哥·馬份的母親水仙·馬份要求賽佛勒斯·石內卜立下不破誓，保證他會在跩哥·馬份的第一個食死人任務中進行保護和幫助。

阿不思·鄧不利多帶著哈利波特拜訪史拉轟，並成功說服他重返學校擔任魔藥學教授；而賽佛勒斯·石內卜則如願以償，成為黑魔法防禦課老師。哈利和榮恩沒有準備魔藥學課本，史拉轟教授借給哈利一本舊的魔藥學課本。這本舊課本裡有很多筆記和新的註解，哈利並發現一行小字簽著「混血王子」這個名字。而哈利靠著這些筆記取得了甚至比妙麗·格蘭傑還要優秀的魔藥學成績。

鄧不利多用他的儲思盆向哈利展示了一些佛地魔過去的情況，認定佛地魔在過去曾經把自己的靈魂分成七份，並且將其中的六份藏入了分靈體（一些可以永世長存的魔法物品）中。其中，佛地魔的兩個分靈體已經被摧毀了，一個是在密室中（詳見《哈利波特—消失的密室》），被哈利波特所毀掉的湯姆·瑞斗的日記，另一個是由鄧不利多毀掉的魔佛羅·剛特的戒指。鄧不利多相信若要殺死佛地魔，另外四個分靈體也必須毀掉。他和哈利前往懸崖岩洞取回另一個分靈體:薩拉查·史萊哲林的小金匣。之後，鄧不利多因為喝掉了保護小金匣的藥劑而變得非常虛弱。

他們兩個返回活米村後，黑魔標記已出現在霍格華茲魔法學校上方，這表示食死人已進入學校並與教職員和學生發生了戰鬥。他們用酒吧的飛天掃帚降落學校塔頂後，鄧不利多釋放咒語令藏在隱形斗篷下的哈利石化，這使得鄧不利多同時間被跩哥·馬份打掉了魔杖而解除武裝。哈利在隱形且無能為力的狀態下目睹了慘況，馬份表示是他用消失櫥櫃把食死人帶進了學校，後來更多的食死人趕到現場，催促馬份完成任務。但是，馬份面對鄧不利多顯得十分猶豫。此時，賽佛勒斯·石內卜來到塔頂並推開馬份，他用「啊哇呾喀呾啦」索命咒殺了鄧不利多。哈利的全身鎖咒解除後，一路追擊石內卜和馬份直到海格的小屋前。石內卜表示自己就是「混血王子」（因為其母的姓氏為Prince（王子），而他的父親是位「麻瓜」），並痛罵哈利妄想用他發明的咒語攻擊他。最後他們和其餘食死人成功的逃出霍格華茲魔法學校。

麥教授成為霍格華茲魔法學校的臨時校長，但是學校很可能將會因為不安全而被關閉。哈利發現他和鄧不利多辛苦得到的史萊哲林小金匣是假的，真的小金匣被一個署名為R.A.B.的那個人物（就是獅子阿爾發·布萊克，詳見《哈利波特—死神的聖物》）取走。在鄧不利多的葬禮結束之後，哈利決定無論怎樣他都不回學校繼續學習，而是投身於毀掉佛地魔的所有分靈體，並且立志最終戰勝他，而妙麗及榮恩也表示他們會跟哈利一起執行這使命（詳見《哈利波特—鳳凰會的密令》預言）。